En la primera etapa de Agraria (años 80) el desarrollo de proyectos de innovación en sistemas productivos agropecuarios, orientados preferentemente a pequeños agricultores, fue uno de los ámbitos fundamentales de trabajo.

Estas experiencias fueron derivando por la propia evolución de la agricultura nacional y de los instrumentos de apoyo a la innovación, hacia proyectos vinculados a la reconversión productiva de áreas rurales y a la investigación de cadenas de proveedores de diversas agroindustrias. Entre los primeros, destacan los trabajos con agricultores para ampliar la producción de uva vinífera de cepas finas hacia zonas más frías que las habituales en el Sur del país y la introducción del pistacho como una nueva alternativa frutícola con potencial en el Centro Sur de Chile. También existe una amplia experiencia en la implementación y certificación de sistemas inocuos de producción agrícola (BPA) con pequeños y medianos productores; junto con los programas territoriales de riego, los cuales se han orientado al diagnóstico e implementación de mejoramiento de sistemas intraprediales y extraprediales de riego.

En los estudios de cadenas se han investigado las de carnes de cerdo y ave, lácteos, vinos, carnes de ovino y bovino, alimentos para salmones, paltas, flores de corte y arándanos. Además se han implementado asesorías al desarrollo productivo de proveedores de diversas agroindustrias, entre las que se pueden incluir: Cabilfrut, Subsole y Coopeumo (frutales); Cafra y Chilolac (leche); Viñedos del Maule y Correa Albano (vinos); Ganadera Marín (ovinos lana); Verkruisen (miel); Simplot (papas); Industria Antillanca (sidra) y Vitalberry (berries).