En consonancia con la progresiva valoración universal del enfoque territorial como elemento estratégico para abordar el desarrollo rural, Agraria ha potenciado esta área de trabajo, incorporando nuevas perspectivas de análisis, tales como la multiactividad y la diversificación de las fuentes de ingreso de los hogares rurales; las opciones de multiuso del patrimonio de recursos naturales disponibles en los territorios; la importancia de los mecanismos de participación de la población local y de sus demandas en la configuración de los programas; la articulación entre los agentes sociales y económicos de los territorios, junto a municipios y agentes públicos; los encadenamientos productivos y formación de clusters.

Agraria ha participado en la implementación de múltiples Programas de Desarrollo Territorial, destacando los siguientes: Programa Estratégico Regional de la Fruticultura, Región de Valparaíso, que permitió formular una hoja de ruta para el desarrollo de éste sector; los Planes Marco de Desarrollo Territorial los cuales se orientan al desarrollo de territorios rurales pobres a través de la elaboración de un diagnóstico territorial y la formulación de una cartera de proyectos de infraestructura básica y de fomento, en las Regiones de Atacama, Coquimbo, Metropolitana, Valparaíso, O´Higgins, Maule, Bio Bio y Araucanía, la Elaboración de una Política Regional para el Desarrollo Rural de la Región de Coquimbo y la Caracterización Productiva y Socioeconómica de la Agricultura Pisquera, en el marco del Programa de Innovación Territorial (PIT) Nuestro Pisco. Otros proyectos son Borde Costero de Chiloé, en la Región de Los Lagos, Cluster del Salmón, también en la Región de Los Lagos; Fortalecimiento del Cluster Frutícola, en la Región de Valparaíso; Programa de Desarrollo de Ovinos de Carne en Magallanes, en la Región del mismo nombre. También se ha implementado el Programa de Desarrollo Rural Integral del Estado de Morelos, en México.